ولد في قرية كوبر في مدينة رام الله عام 1959.
حصل على درجة البكالوريوس في التاريخ والعلوم السياسية، وحصل على درجة الماجستير في العلاقات الدولية وعمل حتى اعتقاله محاضرا في جامعة القدس في أبو ديس، وحصل على شهادة الدكتوراه في العلوم السياسية من معهد البحوث والدراسات.
انخرط في حركة فتح في سن الخامسة عشرة، وعند بلوغه الثامنة عشر عام 1976، القت القوات الإسرائيلية القبض عليه وزجته في السجن حيث تعلم اللغة العبرية خلال مكوثه في السجن.
نشط البرغوثي في الانتفاضة الثانية (انتفاضة الأقصى) كما فعل في الانتفاضة الأولى، آخر منصب كان يشغره هو الأمين العام لحركة فتح في الضفة الغربية، وقامت إسرائيل بمحاولة لتصفيته جسديا ولكن المحاولة لم تكن ناجحه.
 في 15 ابريل 2002، ألقت السلطات الإسرائيلية القبض عليه في منزله الكائن بحي عراش بعد اعتقال ابن عمه وقدمته لمحكمة التي بدورها أدانته بتهم القتل والشروع بالقتل وحُكم عليه بالسجن المؤبد 5 مرات.
ترأس المناضل مروان البرغوثي القائمة الموحدة لحركة فتح في الانتخابات التشريعية الفلسطينية الثانية، في التاسع من أيار 2006 وقع البرغوثي نيابة عن حركة فتح وثيقة الوفاق الوطني الصادرة عن القادة الأسرى في سجون الاحتلال.
عضو اللجنة المركزية لحركة فتح، وعضو المجلس التشريعي الفلسطيني سابقاً.