ولد في حي جبل المكبر في القدس عام 1950 .
تتلمذ في بداية حياته العلمية على يد الشيخ هاشم البغدادي، وهو أحد علماء القراءات في بيت المقدس، فأخذ عنه علم القراءة وأحكام التجويد.
تخرج في ثانوية الأقصى الشرعية عام 1969، وحصل على درجة البكالوريوس من كلية الشريعة في الجامعة الأردنية عام 1973، ثم درجة الماجستير في الدراسات الإسلامية المعاصرة من جامعة القدس.
شارك في العديد من المؤتمرات في الدول العربية والإسلامية والآسيوية وأميركا، وشارك في عشرات البرامج واللقاءات التلفزيونية.
عمل بعد تخرجه في كلية الشريعة سنة 1973 مدرسا في مدرسة دار الأيتام الإسلامية، ثم انتقل إلى التدريس في مدرسة ثانوية الأقصى الشرعية، ثم أصبح مديراً للمدرسة الشرعية، فمراقبا للتوجيه الإسلامي في دائرة الأوقاف الإسلامية في القدس.
تولى التدريس والخطابة في المسجد الأقصى عام 1982، ثم تولى إدارة شؤون الأقصى من عام 1986 إلى عام 2006.
عين في الفترة (1987-1990) عضوا في مجلس الأوقاف الإسلامية في الضفة الغربية، إضافة إلى رئاسة مجلس الإفتاء الأعلى في فلسطين وهو عضو مؤسس في العديد من الجمعيات الخيرية.

شغل منصب رئيس المجلس الاستشاري لكلية القرآن والدراسات الإسلامية، وهو عضو مؤسس لهيئة العلماء والدعاة في بيت المقدس، وعضو في مجمع الفقه الإسلامي الدولي في السعودية ومجلس أمناء مؤسسة الشهيد ياسر عرفات.
تولى موقع المشرف العام على مجلة الإسراء التي تصدر عن مديرية الإعلام والبحوث الإسلامية في دار الإفتاء الفلسطينية، وعينه الرئيس الفلسطيني محمود عباس مفتيا للقدس والديار الفلسطينية برتبة وزير سنة 2006.
عقب تبني إسرائيل قانون التغذية القسرية للأسرى، أصدر الشيخ فتوى تجيز مقاومة الأسرى للتغذية القسرية، وقال إن "ضحاياها شهداء" مضيفا أن هذا الأسلوب يجوز "إذا لم يجد الأسرى وسيلة غيرها لتحصيل حقوقهم الإنسانية المشروعة".
خلال رحلته العملية والعلمية حصل الشيخ محمد حسين على عدة أوسمة وجوائز منها وسام من الرئيس حسني مبارك عام 1990، ووسام من الرئيس الراحل ياسر عرفات عام 1997، وجائزة فلسطين في الآداب والعلوم الإنسانية عام 2000.